Prema legendi, manastir je osnovan u XII veku od ruskog kneza Izvor Tavorskog, a tokom osmanske vlasti je opljačkan, uništen i napušten. U XVII veku je počelo njegovo obnavljanje po inicijativi jeromonaha Silvestra. Crkveni ikonostas datira iz 1868. godine. Crkva je restaurirana 1923. godine sredstvima Vidinske episkopije i donacijama vernika iz Vidina i Loma. Freske su delo slikara Gospodina Serbezova (1873 – 1937).
Sredinom XVII veka Izvorski manastir je bio obnovljen po inicijativi jeromonaha Silvestra. Prema zabelešci u jednom manastirskom rukopisu o životu svetog Efrema Sirinog, manastir se ranije zvao „Suho potoče“, a nakon obnove je nazvan „Izvorski“. U XVIII veku u manastir redovno dolazilo stanovništvo iz okolnih sela na bogosluženje, a neki ugledniji seljaci su bili sahranjivani u njegovom dvorištu.
Do 1860. g. Izvorski manastirom su upravljali igumani, a poslednji među njima, jeromonah Agapij, progonjen, pobegao je u Srbiju 1861. godine. Ostali monasi Kiril, Gavrail i Hrisant izgradili su 1864. godine ikonostas crkve. Trojica vrednih monaha su sahranjeni u manastirskom dvorištu iza oltara.
Tokom 1915. godine Izvorski manastir dobija status ženskog manastira i osniva se sestrinstvo od 3 monahinje i 3 poslušnice. Godine 1923. završava se obnova crkve, koju je oslikao Željazkov Serbezov.
Do 1965. godine igumanija Izvorskog manastira bila je majka Apolinarija, a od 1965. do 2004. godine igumanija je bila majka Natalija. Od 2004. godine igumen manastira je arhimandrit Vasilij, koji se bavi celokupnim uređenjem manastirskog kompleksa.
Tokom 1988–1989. godine na mestu dosadašnje jednoetažne zgrade Izvorskog manastira izgrađen je troetažni monaški kompleks sa prostorijama za goste, vodovodom, kanalizacijom i centralnim grejanjem.
U crkvi rade majstori iz Debarske umetničke škole. Danas je manastir aktivan, ženski, sa kapacitetom od 20 ležajeva, a sobe imaju sopstveni sanitarni čvor i kupatilo. Takođe, postoji trpezarija koja prima oko 40 osoba.
