Според легендата манастирът е основан през XII век от руския княз Извор Таворски. По време на османското владичество той е бил ограбен, разрушен и изоставен. През XVII век започва възстановяването му по инициатива на йеромонах Силвестър. Иконостасът на църквата датира от 1868 г. Църквата е възстановена през 1923 г. със средства от Видинската епархия и дарения от вярващи от Видин и Лом. Фреските са дело на художника Господин Сербезов (1873–1937).
В средата на 17 век манастирът „Извор“ е възстановен благодарение на усилията на йеромонах Силвестър. Според бележка, намерена в манастирски ръкопис за живота на Свети Ефрем Сирин, манастирът преди това е бил известен като „Сухо Поточе“, а след възстановяването му е преименуван на „Изворски“. През XVIII век жителите от околните села редовно посещавали богослуженията в манастира, а някои видни селяни били погребани в двора му.
До 1860 г. манастирът „Извор“ се управлява от игумени. Последният от тях, йеромонах Агапий, е преследван и бяга в Сърбия през 1861 г. Останалите монаси – Кирил, Гавраил и Хрисант – издигат иконостаса на църквата през 1864 г. Тези трима всеотдайни монаси са погребани в двора на манастира зад олтара.
През 1915 г. манастирът „Извор“ получава статут на женски манастир и се създава общност от три монахини и три послушнички. През 1923 г. е завършена реставрацията на църквата, която е изписана от Желязков Сербезов.
До 1965 г. игуменка на манастира „Извор“ е била майка Аполинария. От 1965 до 2004 г. игуменка е била майка Наталия. От 2004 г. манастирът се ръководи от архимандрит Василий, който отговаря за цялостната организация и поддръжка на манастирския комплекс.
Между 1988 и 1989 г. на мястото на бившата едноетажна сграда на манастира „Извор“ е построен триетажен манастирски комплекс. Новият комплекс включва стаи за гости, водоснабдяване, канализация и централно отопление.
Над църквата са работили майстори от Художественото училище в Дебар. Днес манастирът е действащ и функционира като женски манастир с капацитет за настаняване на 20 гости. Стаите разполагат с самостоятелни санитарни възли и бани. Има и трапезария, която може да побере около 40 души.
